经食管超声心动图总体来讲是非常安全的，数千例的经食管超声心动图，没有出现明显的并发症。但是要注意有一些特殊的人群，比如像肝硬化患者存在食道胃底静脉曲张，或者是有食管损伤的，食管狭窄的，包括食管肿瘤的患者，要特别的小心。如果是有食管胃底静脉曲张，有可能会造成破裂和大出血，如果是有食道狭窄，如果强行放食道探头，可能会引起食道的损伤。另外，在术前一定要了解清楚患者相应的病史，必须要询问清楚，要签知情同意书。对于心衰的患者，特别是心功能特别差的患者，也要也要特别小心，因为有报道指出过，对于扩张性心肌病或者是严重心衰的患者，经食管超声心动图有可能会造成心跳呼吸骤停。
