当佩戴矫治器后，清洁牙齿成为一件非常重要的事情。刷牙时，尽可能让牙刷的刷毛伸进托槽、弓丝之间的部位，以清除托槽近、远、中面上的菌斑。刷牙的力量不可过小，选用的牙刷刷头要小，刷毛中等硬度。研究表明，电动牙刷清除菌斑的效率很高。弓丝下方被遮挡的牙面可使用间隙刷来清洁，还可以使用牙线来清洁牙齿里面。早晚认真刷牙是清除菌斑的首要方法，目前推荐使用改良巴氏刷牙法。由于牙齿的唇颊面被托槽、带环和弓丝分隔成上下两部分，所以应该分两个步骤来刷牙。以刷上牙为例，第一步，将牙刷刷头与牙面、颌面呈现45°角向上，先清洁牙齿的下半部分，即托槽的颌方表面和牙龈边缘部分。第二步，将牙刷的刷头旋转朝下，但仍然与颌面呈45°角向下，主要清洁牙齿上半部分，即托槽的龈方表面。
