生化妊娠有可能是胚胎自身的原因，也有可能是母体的一些疾病，或者一些环境因素所导致，生化妊娠是指早期的受精卵着床失败所导致的早期自然流产，原因主要如下：

1、胚胎自身原因：比如胚胎染色体异常导致早期着床失败，如果夫妻双方之一是染色体异常的患者，比如染色体的平衡易位或者罗氏易位的患者，就容易出现胚胎染色体的异常；

2、母体疾病：比较常见的原因如子宫内膜异常、子宫内膜炎、内膜息肉、子宫内膜宫腔粘连，这些疾病会使子宫内膜容受性下降，从而出现生化妊娠。母体解剖学异常，常见的一些先天畸形。如子宫纵隔会导致反复生化妊娠，子宫内膜异位症、子宫腺肌症、输卵管积水，都有可能会导致子宫内膜容受性的下降，导致生化妊娠。母体免疫、凝血功能的问题，比如抗磷脂综合征会导致生化妊娠的发生，一些内分泌的问题如多囊卵巢综合征、甲状腺功能异常，都有可能导致生化妊娠的发生；

3、环境因素：如果早孕期接触一些尼古丁、酒精、咖啡因，还有一些毒物、重金属等，都有可能会导致生化妊娠的发生。