在常规手术中碰到的风险，在癫痫手术同样会面临。比如麻醉风险、手术出血、感染及切口不愈合等常规风险。另外，癫痫手术本身来有自己特殊的风险，癫痫首选癫痫病灶切除术，根据癫痫病灶位置的不同，需要面临不同的风险。比如病灶位于额叶、颞叶等部位时，可影响到情绪及记忆能力，手术后有可能会面临情绪、记忆方面的风险。如果病灶处于功能区，有可能面临肢体活动不利、言语不利等其它并发症。但是癫痫手术属于一种功能性手术，在手术之前会做详细的评估，如果位于功能区，多数会选择皮层电极监测，以在明确功能区的前提下，再进行手术，可将手术风险降到最低，但是手术不可能万无一失没有风险。另外，现在也可选择神经调控类手术，类似于迷走神经刺激术的性质，并不是开颅手术，只是采取颈部迷走神经的刺激手术，手术的风险非常小。
