临床轻度肛周脓肿或病情早期疼痛较轻，未出现红、肿、热、痛或发烧症状时，可通过口服消炎药，可局部进行中药坐浴或外涂消肿药膏改善。如果在病情早期进行干预，保守方法即可治愈肛周脓肿。但对进展较快或脓肿较大患者，不建议采取保守疗法，可能会耽误病情，错失手术时机，对疾病预后不利。
若为特殊患者，如合并血液病、年高体弱、严重心脏病或心脑血管疾病等，患者出现肛周脓肿无法耐受手术，也可采取保守疗法。若患者有脓液需穿刺引流，将脓液抽出后，再进行消炎治疗，较单纯输液消炎效果好。如果脓肿较深，穿刺不方便，可切开接个管进行冲洗，也属保守疗法，但仅可暂时缓解。
临床所有肛周脓肿患者采取保守治疗均为权宜之计，多数肛周脓肿患者需手术根治，否则肛周脓肿可形成肛瘘。患者形成肛瘘也不用担心，部分患者不适合手术时，也可待肛周脓肿形成肛瘘后再择期手术。
