平足症疼痛的位置通常在足外侧、足内侧两个部位。足内侧疼痛通常位于足弓顶点，这个部位有一条胫后肌腱穿过，胫后肌腱长期牵拉导致足内侧疼痛，足底软组织长期受力导致足底内侧疼痛。

后期因为后足外翻、前足外展出现腓骨和跟骨撞击，是外侧结构撞击导致疼痛。内侧结构长期受压出现疼痛，所以平足症病人会有内侧疼痛，沿着小腿后侧到足底一条线的疼痛。部分患者足外侧沿着最突出部位的腓骨骨性结构的疼痛，或肌腱卡压，所以疼痛可能是针对内侧和外侧为主的整体性踝周疼痛。