肛周脓肿可以一次性进行根治术，一次性根治术通常第一步先对肛周脓肿进行引流，第二步需要寻找肛周脓肿的内口，连同内口一起解决，这样可以达到肛周脓肿的一次性根治。但是，不是所有的肛周脓肿都可以一次性根治，有些患者的肛周脓肿可能需要分次进行手术，比如脓肿较深、范围较大的情况，可能需要先进行切开引流。一段时间以后，瘘管逐渐清楚，内口比较清楚的时候，再解决肛瘘的问题，这样分次手术也可以达到完全治愈。但是对于肛周脓肿一次性根治，每个医院掌握的不同，有的医院尽量选择一次性根治，但有些医院为了更加准确、更加清楚，通常会分两次进行手术。一次性根治手术除了切开引流，将脓液引出以后，同时将肛瘘内口和感染的窦道和脓腔一次性打开，这样形成一个开放的创面，使伤口从肛瘘内口到局部感染的伤口，逐渐一次性长好，达到一次性根治的目的。
