角膜塑形镜会对眼睛产生后遗症或并发症，它会损伤角膜上皮，引起角膜上皮的缺损或者损伤而造成疼痛。此时要到医院，在纤维镜或者裂隙灯下进行角膜方面的检测或者做染色检测。由于角膜塑形镜和角膜接触在一起，基本都对角膜有压迫、摩擦作用。即使是较好的角膜塑形镜，对角膜也是异物，如果眼睛内有异物，与人体接触时间长，会产生角膜上皮损伤。将角膜塑形镜摘掉后，医生检测会发现角膜上皮可能有一部分缺损或者上皮已经脱落，产生疼痛感。角膜上皮是神经营养或者神经分布比较密集的地方，它对损伤感觉比较敏感。
此时要注意两方面因素，首先终止角膜塑形镜配戴，在2-3周或者3-4周不再配戴隐形眼镜或角膜塑形镜。其次进行药物治疗，包括预防感染的药物、促使角膜上皮修复的药物，基本经过2-3周治疗，疼痛会逐渐好转、治愈。待病情治愈后，可以继续配戴角膜塑形镜阻止近视发展。
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