肛周脓肿需依据病因选择抗生素，多数患者因细菌感染所致，感染多发生于直肠、肛管周围。

细菌主要来源于肠道，以大肠埃希菌为主，属于杆菌，因此应选择对大肠杆菌敏感的抗生素，如甲硝唑、头孢类、阿莫西林、罗红霉素等，多选择静脉给药，药物浓度高，治疗效果较好。

但肛周脓肿类型较多，不可盲目应用抗生素，应先明确具体类型，再进行对症治疗。