克汀病的主要病因是缺碘，尤其是孕妇缺碘以后会对胎儿造成影响。正常人如果缺碘，会导致甲状腺肿大，影响机体的甲状腺激素合成。如果孕妇缺碘，会造成胎儿碘的摄入明显不足，尤其是胎儿发育的关键时期，即前4个月，胎儿的甲状腺逐渐发育，在孕4个月以后胎儿本身会有摄入碘、合成甲状腺激素的功能，甲状腺基本具有分泌激素的功能。
如果孕妇缺乏碘，势必也会造成胎儿缺碘，胎儿缺碘以后会影响自身的中枢神经系统发育，包括大脑以及智力的发育，都会受到很大的影响。因此克汀病主要的病因是碘缺乏，尤其是在胎儿期母体缺碘以后，势必会造成胎儿缺碘，从而影响胎儿甲状腺的发育，包括胎儿甲状腺激素的合成。
