疟疾的早期症状不典型且不存在特异性，可以表现为头疼、头晕、乏力、食欲不振以及嗜睡等非特异性症状。而疟疾的临床特征是寒战、高热、出汗热退，症状呈周期性发作。
疟疾的病程可分为寒战期、发热期及出汗期，寒战期表现为突发的寒战，初期出现四肢发冷随后出现全身发冷，持续时间在1小时左右。随后进入发热期，患者的体温迅速上升，可以伴有头疼等反应。发热期持续4-8小时后进入出汗期，病人大汗随后体温恢复正常，持续时间为0.5-1小时。间歇期的病人不会出现症状，也可能存在乏力以及食欲不振。对于上述周期的时间间隔根据疟原虫的种类而有所不同，如间日疟为间日发作，三日疟则为三天发作一次，而恶性疟的发作并不存在规律。
