益生菌进食过多，可能出现乳糖不耐受的临床表现，如腹痛、腹胀、腹泻等。
益生菌是保证肠道健康的有益细菌，含量相对不足时，临床上可以进行补充，但在本身益生菌正常的情况下再摄入，可能会抑制自身的益生菌生殖能力，导致肠功能紊乱。因此益生菌通常建议在医生指导下服用，连续服用时间理论上不建议超过2个月，不同情况补充的益生菌菌株也不一样。
目前临床上常用的益生菌有双歧杆菌、枯草杆菌、布拉氏菌、酪酸梭菌等，不同的菌株在临床上适应证略有不同。腹泻的病人建议用布拉氏菌、枯草杆菌，临床上会起到较好的效果，益生菌建议在餐后半小时温水下服用。
