口腔溃疡发病原因有很多种，比较常见的是身体内的营养缺乏，比如缺乏维生素，可能出现口腔溃疡。但是还有一种复发性阿弗他溃疡，是自身免疫性的疾病，通常是遗传性疾病，会从父代遗传给子代。复发性阿弗他溃疡最重要的特点是自限性，疼痛较剧烈，一周左右逐渐好转。复发性阿弗他溃疡最重要的病因是自身免疫性疾病，是自身的变态反应所造成的，几乎没有很有效的治疗方法，但是可以口服止痛药缓解疼痛。还有一种口腔溃疡是咬合造成，比如蛀牙或牙体缺损或咬合不对，长期磨耗牙周的黏膜，最常见的部位是上颌后牙区或下颌后牙区。这种机械性的口腔溃疡需要首先去除，如果溃疡时间比较长，反复发作，存在癌变的可能。