临床认为直肠脱垂多为先天性因素所致，如胎儿时期肛门组织发育不良，导致肛门括约肌力度不够，其重要原因是直肠末端周围组织坚硬度不够而导致直肠脱出。此类患者在婴儿时期排便时直肠黏膜即可脱出，然后肠壁肌层会全部脱出，脱出后会愈发严重，多数患者10岁左右脱垂会变轻甚至愈合，但30岁后由于循环较弱，脱垂又会出现。