肠道感染需要药物治疗，分为病毒感染或细菌感染。比如常见的肠道感染，孩子会出现轮状病毒感染，如果病人症状较轻，可以不应用抗病毒的药物进行对症治疗，使用助消化保护胃肠黏膜的药物，补充水电解质即可。
如果是细菌感染，常规是要应用抗细菌的药物，比如头孢类、左氧氟沙星等抗病毒药物。
在中成药方面常用黄连素；还有调节肠道胃肠功能的药物，包括助消化的消化酶、复方阿嗪米特、吗丁啉等药物；保护肠黏膜的药物，包括蒙脱石散；解痉止疼药物，包括阿托品、颠茄片、曲美布汀等药物。
另外，益生菌方面有活性双歧杆菌药物，需要针对患者病情症状，选择合理药物。
