临床上，部分肛周脓肿可以根治，另一部分需二期手术治疗肛瘘。该病为肛门部特殊感染，一旦确诊，须进行手术治疗。手术过程中除切开引流外，需尽量寻找脓肿来源，如果成功切除脓肿来源，可称为根治性肛周脓肿切开术，可根治脓肿。如果手术中脓肿来源不明，避免盲目寻找导致肛门部额外损伤，此时需二期处理肛瘘时再寻找脓肿来源。