主动脉夹层腔内隔绝术的并发症主要是内瘘，即放入支架后，支架旁或假腔分支有血继续进入假腔内。若内瘘症状较轻，出血量较少，可逐渐形成血栓闭合；但若血量较大，需进一步处理，增加支架或用凝胶、弹簧圈将瘘口堵塞。此外，还可能出现神经系统症状，如脑缺血脑梗、偏瘫、脊髓缺血、截瘫，或支架两端出现新的破口，及支架感染、支架置入后综合征。