肝内胆管结石不会自愈，因为结石并不是一种可以自愈的疾病，结石在肝内胆管分布有多有少，部分患者只是偶然在体检中发现少数量的肝内胆管结石。部分患者由于病变时间较长，检查时发现肝内胆管结石已经占据一个肝叶或肝段，甚至部分患者肝内胆管结石为弥漫性双侧肝内胆管结石，所以并不会自愈。
肝脏胆管结石如果只是少量，没有造成患者不适，通常不需要治疗。如果为区域性肝内胆管结石，患者需要查看结石对肝脏的毁损情况，部分患者会发生肝脏萎缩，或发生肝脏纤维化，此时，应做区域性的肝叶或肝脏切除。如果结石存在于双侧肝内胆管，呈弥漫型，治疗较为困难，只能尽可能取净结石，建立通畅的胆道引流，做好术后处理工作。
