肛瘘手术后有可能会复发，其与医生的技术和患者依从性均有一定关系。据文献统计，其复发率为20%左右，但若患者配合较好，其复发率不高，目前国内患者复发率约为10%。若患者手术较成功，但在换药时不配合，则肛瘘手术后易复发。

一般真正意义上的复发是指患者做完手术后原发病灶复发，若原发病灶已愈合，因其它部位引起的感染，称为新发。某些特殊情况，在行肛瘘手术时可引起肛门失禁而终身带瘘生存。此外，部分患者需行多次手术，此时不可称其为复发。