肛瘘多采用手术治疗，具体的治疗方法需视患者病情复杂程度、瘘管位置高低及走向而定，适合病情的方法即是最好的方法。其次医生最熟悉的手术方法也是治疗肛瘘较好的一种方法。具体情况如下：

1、肛瘘位置较低可将其切除再直接缝合；

2、切开挂线：可分为挂实线、分次挂线等；

3、LIFT手术：内口切除、瘘管剔除，然后将内口、括约肌缝合。