肛瘘常有如下原因引起：

1、一般性质的肛瘘是肛周脓肿溃破后形成窦道，常反复感染且流脓，是肛周脓肿的二期；

2、特殊性质的肛瘘：感染结核杆菌或克罗恩病、溃疡等某些炎性肠病所引起，是炎性肠病的并发症；

3、直肠癌和肛管癌引发的并发症。

临床上，腺源性感染后内口与肛门外相通，粪水可从外口流出，此类肛瘘在古代称“老鼠吞粪”。