小孩心脏彩超的最佳时间取决于小孩疾病的严重程度。如果小孩疾病非常严重，怀疑心脏出现严重疾病，则出生后为最佳的时间，出生后马上评估其心脏结构和功能的变化，比如复杂的先天心脏病、大动脉转位、肺动脉闭锁、重度的主动脉弓缩窄，都需要生后明确诊断，迅速采取措施，避免造成生命危险。
但是大多数小孩心脏可能存在较小病变，或者较小的畸形，在不严重影响生命状态的情况下，心脏彩超最佳的时为生后1周，因为生后1周以内可能许多生理性结构没有关闭，这时很难判断小孩的心脏是处于疾病状态，或者生理状态，比如动脉导管、卵圆孔，可能在生后1周左右是生理状态下没有关闭。
对于较大的小孩，只要出现指征，则为进行彩超检查的最佳时间，如小孩心脏出现杂音，医生怀疑心脏结构存在异常，这时可以迅速完成心脏彩超。
