肛瘘一旦确诊需尽早手术治疗，手术治疗可减少局部反复化脓，防止形成复杂性肛瘘，减轻患者痛苦，使肛门功能不受影响，还可防止肛瘘癌变。

保守治疗只能缓解症状，不能彻底治愈。肛瘘的传统手术方式包括肛瘘切开术、肛瘘切除术、肛瘘挂线术，一般低位单纯性肛瘘可采用肛瘘切开或肛瘘切除术；

高位肛瘘则需采用挂线术。目前新出现的治疗肛瘘的办法，包括括约肌间瘘管结扎术、肛瘘栓、纤维蛋白胶注射疗法等，可不损伤肛门括约肌，但复发率较高，费用也较高。