治疗气管肿瘤的最佳方案是通过气管镜或直接手术把肿瘤切除，解除气管梗阻。对于体积较小，特别是有蒂的良性肿瘤，可以在气管镜下直接电灼切除。对于体积较大，气管镜下切除较困难的肿瘤，可以把气管切开后把肿瘤切掉，同时切除一部分气管组织。
如果气管肿瘤是恶性或体积较大的良性肿瘤，不能在气管镜下切除，需要切除病变带气管，进行气管重建。如果晚期气管恶性肿瘤已经不能手术切除，根据肿瘤病变情况采取化疗、放疗等综合治疗措施缩小肿瘤，缓解病人症状，同时治疗气管肿瘤里面的并发症，特别是气管肿瘤会导致呼吸困难。
如果手术不能做，放化疗也不能进行，要在气管内放支架，把气管撑开，呼吸就会通畅。肿瘤堵塞气道有可能合并感染，临床上还需要使用抗生素进行治疗，控制肺部感染。
