肛瘘早期为肛周脓肿，其较表浅时，表现为疼痛、肿胀、发烧；较深部的脓肿，外表无表现，仅为肛管胀、不舒服及部分全身表现，易造成误诊。当脓肿用药后或自行溃破一段时间未愈合，会形成瘘管，引起肛瘘。肛瘘形成时，肛周可出现一个或多个外口，当肛周出现多个外口时，称为复杂性肛瘘，内部为错综复杂的肛瘘走行，早期表现为疼痛、流脓、局部发炎等。