根尖囊肿不会自行消失。大部分根尖囊肿是因为龋齿引起牙髓炎，牙髓炎引起根尖周炎，急性根尖周炎转变成慢性的根尖周炎，慢性根尖周炎其中一类是根尖肉芽肿，肉芽肿由于长期增生，使得中央区域发生液化坏死，逐渐形成囊肿，只有通过治疗才会痊愈。早期根尖囊肿可以通过根管治疗，反复消炎、引流得到治疗，较大的根尖囊肿可以通过根尖手术将根尖切除一部分，进行根尖搔刮术，将根尖囊肿摘除。
如果根尖囊肿进一步扩大，引起颌骨膨胀，甚至压迫牙齿，引起牙齿疼痛，需要到口腔外科，在局麻下进行颌骨囊肿的摘除术。根尖囊肿通常无法自行发现，大部分根尖囊肿是通过拍摄X光片，发现根尖有阴影。如果出现牙齿疼痛、颌骨膨胀、面部不对称，要到口腔外科进行拍摄X光片，以确定是否患有根尖囊肿。
