输卵管囊肿大多数指输卵管系膜囊肿，并非炎性疾病，也并不是一种肿瘤性的存在，具体原因如下：

1、副中肾管遗迹：更多情况下输卵管系膜囊肿是女性生殖器官逐渐生长发育的过程中，副中肾管发育残留的一个遗迹，因此针对这样的输卵管系膜囊肿，如果在手术的过程中发现，治疗起来也很简单，将输卵管系膜囊肿的根部予以切除，然后断端进行结扎，但是也不要忽略将输卵管系膜囊肿送检病理；

2、输卵管疾病：比如比较常见的就是输卵管积液，它可能就会在外观上形成一个输卵管的囊肿样改变，大多数都是由炎性因素刺激，导致输卵管出现了堵塞，同时还是由于输卵管内纤毛上皮依然还会有一定的分泌功能，可是它分泌的液体没有办法及时引流，所以就会越积越多，逐渐就会形成输卵管积液，或者形成输卵管的积水，在超声影像学下也表现成一个液体，或者是一个低回声聚集的状态，这种状况也是会被误认为是输卵管系膜囊肿；

3、盆腔炎性疾病后遗症：导致输卵管部位出现了炎症粘连，有时就会形成局部的局限性积液，在超声影像学下能看到附件区有一个囊肿存在，经过手术探查才会发现，属于一种炎性疾病。而导致的炎性渗出物被局限在一个腔隙内，在超声影像学下也会形成囊肿样改变；

4、肿瘤：极个别的情况下，输卵管系膜囊肿可能是继发于卵巢、输卵管的恶性肿瘤，此时可能会由于恶性肿瘤的存在，有出血、坏死、渗出，也容易在超声影像学下，出现输卵管囊肿的表现。

因此，输卵管系膜囊肿的原因多种多样，具体情况肯定要具体分析，因人而异。