在临床上被确诊为肛瘘的患者均需手术治疗，所以肛瘘手术的适应症较广泛。若患者有凝血功能障碍或特殊的感染，如结核性的肛瘘，需抗结核治疗，手术可达到较佳效果。恶性肿瘤引起的肛瘘，有时肿瘤已是晚期，手术可能无效，甚至术后会引起肿瘤扩散的情况下，则无需手术。肿瘤晚期的患者身体状况较差，耐受手术的程度也较差，所以尽量不做手术治疗。