因为宫颈纳氏囊肿大部分是一种生理现象，所以一般不需要药物或者手术治疗。一般纳氏囊肿大小<1cm，只有较大的纳氏囊肿需要治疗，如较大的纳氏囊肿影响性生活或者有其它不适。纳氏囊肿一般情况下不需要处理，但是需要每年要做宫颈筛查，宫颈筛查无问题即可。
宫颈有两种上皮，一种是鳞状上皮，有较多层比较结实，看起来偏白比较光滑。另外一种是柱状上皮即宫颈管黏膜的上皮，为单层。如果患者比较年轻，性激素水平比较好，柱状上皮可以蔓延至宫颈外口，出现上皮比较薄、呈糜烂状态，属于生理现象。柱状上皮在阴道时间长了以后，有转化成鳞状上皮的趋势。在转化过程中，柱状上皮分泌黏液的开口被新转化出的鳞状上皮堵住，腺体分泌的黏液无法排出，不停积聚形成纳氏囊肿。
