男性患者尿道出现真菌感染，可以治愈，此时可使用抗真菌药物，比如氟康唑等进行治疗。如果患者出现真菌感染，口服常规的杀灭细菌的抗生素，比如左氧氟沙星、头孢类抗生素，并不能够杀灭真菌，只能够杀灭细菌，所以需要在医生的指导下，选择合适的药物进行治疗。
目前抗真菌药有较多种类，治疗效果较好，所以即使患者出现真菌性尿道感染，也有较大的机会能够治愈，但是应按照医嘱进行药物治疗，治疗周期可能较长。大多数真菌的感染可能继发于细菌感染，若患者之前应用较长时间杀灭细菌的抗生素，可出现二重感染，机体本身的抵抗力、免疫力可能也处在下降、薄弱的阶段，此时也容易出现真菌感染。通常大多数患者仅出现普通的尿道炎，并且细菌感染更为常见。
