一跑步就肚子疼的原因较多，比如器质性病变、应激反应、心理因素等，具体如下：

1、器质性病变：即腹腔脏器出现明确病变，比如肠管息肉、腺瘤、肿瘤或其他病变。若属于结肠或腹腔内器质性病变，通过腹部CT、结肠镜等检查能够明确病变情况；

2、应激反应：排除腹腔器质性病变后，可考虑应激反应，即条件反射式反应、功能性反应。患者需进行自我调理或者口服调节肠道功能的药物，比如思连康、乳杆菌等益生菌，同时坚持规律喝酸奶。调理胃肠道功能调理一段时间后，如果仍未取得良好效果，可口服治疗功能性疼痛的药物，比如得舒特等，可缓解腹部疼痛；

3、心理因素：临床还需考虑精神方面的因素，必要时咨询心理科医生，进行有效调理。