胃镜、肠镜检查均可进行无痛操作，麻醉下操作无疼痛感觉。普通胃肠镜检查均存在一定不适感，但多数患者均能够配合医生完成检查。胃镜经过咽喉部进入胃内易产生牵拉，患者产生明显的恶心不适；肠镜从肛瓣内进入肠腔，检查过程中可有腹胀、腹痛等不适。身体强壮者咽喉反应更加剧烈，胃镜检查痛苦相对较重，身体虚弱者肠镜检查相对较痛苦。