女婴尿道口有肉芽挂科室，首先要看当地的医疗发展状况，如果是在县里面，可能仅仅有外科，可以挂外科。让医生查看肉芽的部位是在尿道口周围，还在阴道口周围，是单发的，还是多发的。

如果当地搞不清楚，可以进一步上上级医院，比如省会城市的医院可以挂小儿外科，或者是小儿泌尿外科，都是可以的。进一步检查以后，可以做彩超检查，看肉芽除了在阴道口以外，膀胱是否有问题，肾脏、输尿管、尿路是否有问题。

同时要看女婴的排尿情况，是否有尿急、尿频、尿痛，或者有血尿情况。肉芽可能会有炎症刺激，同时有些女婴可能是输尿管末端囊肿的脱垂，也会有肉芽形成，所以针对女婴的不同情况，挂的科室不太一样。

甚至有些专科医院，比如儿童的专科医院，有小儿的女婴的泌尿外科，这样是最好的。可能针对女婴的保护隐私，可能有专科专门的女大夫或者女医生在泌尿外科坐诊，这样是也可以的。

所以女婴尿道口有肉芽挂科室，要看具体情况和当地的医院发展状况，可能有些可能挂妇科也是可以的。让医生做简单评估以后，再根据女婴的情况和当地的医疗发生状况来决定挂科室。