肾结石微创手术后遗症与手术方式有关，具体如下：

1、体外冲击波碎石：后遗症主要是血肿和肾脏萎缩。体外冲击波建议不能超过3次，多次碎石可导致血管脆化、狭窄、肾脏萎缩；

2、输尿管软镜：后遗症主要是结石残留，结石打碎后需通过尿液和重力作用排出，存在不可控性，手术中冲洗导致肾脏内压力较高，可出现感染、血肿等；

3、经皮肾镜：风险较大，因肾脏血供丰富，术中出血可能性较大，还可导致感染、损伤脾脏、肝脏、直肠等脏器。