引起儿童牙齿发黑的原因如下：

1、色素沉着：内源性色素沉着是由于怀孕期间摄入四环素类药物，导致药物随着血液循环进入牙齿内，沉积于牙齿表面而引起四环素牙；外源性色素沉着是儿童摄入深色素的食物、吸烟、咖啡、铁剂、哮喘药物等导致牙齿发黑；

2、龋齿：是一种色、形、质的改变过程；

3、牙齿发育不良：如牙釉质矿化不良。