胃肠间质瘤的临床表现与肿瘤大小、肿瘤部位有明显的相关性，较小的胃间质瘤可无任何临床表现，通常在体检、胃镜检查时偶尔发现，胃镜直视下表现为胃黏膜隆起性病变，当肿瘤生长到一定程度时，部分患者可出现消化道反应，如腹痛、恶心、呕吐、黑便，甚至呕血等明显症状，出现转移时可在腹部触及包块，出现腹部异常隆起等症状。