小肠镜检查分为2次进行，首先从口侧进入，如同胃镜一样，先到十二指肠，之后逐步向空肠进镜检查，进镜时尽量向深处观察，同时根据情况进行活检等。之后到达镜子不能前进的位置，会使用组织夹进行标记。其次再从肛门进镜，可以做完口侧的同时进行，也可以分时间进行，根据病人的耐受程度进行。从肛侧进镜，先观察结肠，再从小肠进镜，尽量找到组织夹所在位置，则可以将所有小肠全部观察完整。
小肠镜检查需要清肠处理，并且操作时间较长，痛苦也较大。因此目前有些检查是胶囊内镜检查，胶囊内镜是大拇指粗细的胶囊，含有摄像头、电源，具有拍照装置，会将照片传到体外，在接收照片以后进行评判分析，但是胶囊内镜不能取活检。小肠镜的操作主要是用于不明原因的出血，排除胃和结肠，明确小肠病变时需要先进行小肠镜检查。
