新生儿肝功能异常合并黄疸应根据具体病因针对性治疗，具体包括：

1、对于直接胆红素升高合并肝功能异常的患儿，应考虑胆汁淤积症。其发病原因可能与细菌感染、病毒感染、先天性甲状腺功能低下、垂体功能异常、先天性代谢性疾病等有关，应针对病因对症治疗；

2、对于间接胆红素升高合并肝功能异常的患儿，多于感染、先天性代谢性疾病有关，应对因治疗。