精子的畸形率99%是比较高的值，患者可以先到医院做检查，查看是否存在影响精子畸形的病因，比如精索静脉曲张或者是慢性的前列腺炎、精囊炎等疾病，会导致精子的畸形率升高。通过手术或者药物治疗的办法，针对原发病的治疗可以把畸形率降低，过一段时间再复查。部分患者把原发病去除，精子质量有所改观。

虽然99%的畸形率是较高的值，但实际上每次排精的精液量里含有较高的精子数，而且真正的受孕只有一颗精子，可以与卵子结合形成受精卵，可以完成整个的受孕过程。因此，畸形率是相对的值，并不是畸形率高就不能怀孕，但是畸形率越高自然受孕的比例越低。一般畸形率在96%以下可以接受，即有4%以上的精子形态正常，就存在受孕的机会。如果发现疑似精子质量比较差，需要到医院就诊，针对原发病进行治疗。3个月之后可以复查精子质量，如果不见缓解，可以考虑其它的药物治疗，改善精子的活力。如果治疗效果较差，需要接受辅助生育的手段，比如试管婴儿。