流感病毒感染后，突出的临床表现是发热，伴有全身感染中毒症状。通常发热时体温比较高，会在38.5℃以上，可以达到39℃，甚至可以到40℃，伴有明显畏寒，出现头疼、全身关节肌肉酸痛、食欲减退、乏力、咽痛、干咳等。
部分患者可以伴有消化道症状，出现恶心、呕吐、腹泻、腹胀的表现。比较严重的患者可以引起流感肺炎，如果患者出现肺炎，可以表现为剧烈咳嗽，如干咳、咳痰，一般出现白痰。如果患者出现低氧血症，有缺氧表现，患者可以出现呼吸困难、气促，也可以表现为紫绀、口唇发紫，有严重的缺氧表现。
对于严重流感患者，比较常见的是婴幼儿、老年人、孕妇、肥胖人群，或者本身有严重的基础疾病人群，可以出现比较严重的流感。极个别情况下，可以出现中枢神经系统感染，出现脑膜炎的症状，患者表现为头疼、呕吐、颈部强直等，但此类情况相对较少见。
