一般不用整肠生治疗便秘，如果是调节肠道菌群，通常用双歧杆菌、乳酸杆菌等进行治疗。整肠生的主要是成分是地衣芽孢杆菌，地衣芽孢杆菌可以治疗急慢性肠炎引起的腹泻，比如肠易激综合征、溃疡性结肠炎或细菌、病毒引起的急性肠炎等。

而对于肠道菌群引起的便秘，通常用乳酸杆菌、双歧杆菌、枯草杆菌等治疗，一般不用地衣芽孢杆菌，即整肠生治疗便秘。因为临床发现整肠生有收涩的作用，所以对腹泻的患者疗效比较好，而治疗便秘的效果比较差。