普通肠镜是清醒情况下进行，无痛肠镜检查是通过药物使病人麻醉后进行检查，两者区别具体如下：

1、疼痛方面：普通肠镜检查会使病人感到疼痛，而对于无痛肠镜病人通常没有明显感觉；

2、经济方面：无痛肠镜需要麻醉科医生参与，可能费用上比普通肠镜贵；

3、并发症方面：病人检查过程中可能出现穿孔，因为并发症不能完全避免。无痛肠镜进行过程中，由于需麻醉，尤其肥胖病人，有时会出现呼吸抑制状况，麻醉科医生需马上进行处理。