强直性脊柱炎的病因及发病机制较为复杂，主要如下：

1、遗传易感因素：强直性脊柱炎具有高度遗传倾向，通过对强直性脊柱炎患者家系及孪生进行研究获取相关基因，认为是多基因模型，最主要为HLA-B27基因，通常HLA-B27阳性人群发生强直性脊柱炎概率可为阴性者的200-300倍；

2、外源性环境因素：微生物肺炎克雷伯杆菌，以及肠道病原微生物如志贺菌、沙门菌等，以及沙眼衣原体等病原菌感染，均参与强直性脊柱炎的发生；

3、免疫因素：为最重要因素，外界病原体可能与自身抗原成分形成交叉免疫反应，导致免疫紊乱。