贲门癌一般出现在贲门，即胃和食道接口的部分，在身体的胸口和腹部交界处，处于上腹部正中间处，对应的体表位置是在胸骨剑突下方及腹部上方交界处。少数情况下，由于解剖结构异常，贲门位置和消化道神经分布异常，可导致患者症状出现在一片区域，而不是一个点，此时贲门癌患者较难明确贲门癌就在指出的部位。
患者最早出现的症状可能仅为进食时有哽噎感，而不是进食完毕后才有哽噎感。此时患者需用水送服，后续可能无法用水送服下去，此时考虑可能食道或贲门有问题，但不代表定位准确或者确诊为贲门癌、食道下段癌、食道上段癌。故通常不会在身体上定位贲门癌的位置，尤其不会定位消化道疾病，包括胃、食管、十二指肠、空肠、回肠和结肠的疾病。
