腱鞘囊肿手术通常并不会十分痛苦。若腱鞘囊肿进展速度较快，或压迫周围的神经、血管，则需采取手术治疗，而在手术操作前都需进行麻醉，如局部浸润麻醉、全身麻醉、周围神经麻醉等。
通常经过麻醉后患者的神经、感觉消失，所以操作过程中患者并无显著痛苦。其中局部麻醉的麻醉浸润范围、深度有限，在操作过程中可能会产生轻度疼痛，但患者通常可以耐受。此外，若腱鞘囊肿与关节腔相通，则手术时间相对较长，患者在手术过程中也可能会产生轻度痛苦。
因此，一般腱鞘囊肿手术所产生的痛苦并不严重。患者可在主刀医生、麻醉医师共同帮助下解决疼痛、减少痛苦，从而尽快使腱鞘囊肿完全切除，进而恢复肌腱活动、腱鞘功能，防止腱鞘囊肿对正常生活造成不良影响。
