大拇指指甲上有凹陷有多种可能，具体如下：

一、局部因素：

1、指甲外伤：比如指甲在劳动过程中受到挤压，可逐渐形成凹陷；

2、习惯性行为：还有一些习惯性行为，比如小孩子咬指甲，也可在指甲上形成凹陷；

3、指甲感染：特别是真菌感染，即灰指甲，真菌有可能导致指甲甲板上出现病变、凹陷；

4、良性肿物或囊肿：有时候甲根部的良性肿物或者囊肿，比如黏液囊肿，压迫指甲根部也可导致指甲上形成甲板凹陷；还有的指甲根部有寻常疣，疣体在局部压迫，也可导致指甲上出现凹陷。

二、全身因素：

1、银屑病：包括全身性的银屑病累及到指甲，可以引起指甲上有顶针甲，即一些小的凹陷；

2、斑秃、扁平苔藓：也可导致指甲上出现凹陷；

3、系统性疾病：比如严重的贫血，或者是有慢性的呼吸系统的慢阻肺等疾病，导致肢端供血、供氧、营养有问题，也可导致指甲变形。此类情况导致的指甲凹陷一般是形成整个的凹陷，称为勺状甲或者匙状甲，使指甲外翻、向上翻起。匙状甲不光局限于大拇指，可能多个指甲都会出现这种病变。