卵巢囊肿手术具体时间，需根据手术难易程度以及卵巢囊肿性质而定，不同的手术难易程度不同，手术操作过程中可能发生的风险和并发症也不同。对于卵巢单纯性囊肿或浆液性囊性瘤，以及黏液性囊性瘤等，如果本身卵巢囊肿周围组织没有粘连，手术操作过程比较快，只要将囊肿剥除或附件切除，如果不计算麻醉时间大约0.5-1小时就可以结束。
对于卵巢子宫内膜异位囊肿或可能发生恶性病变的卵巢囊肿，手术时间会有所延长。卵巢子宫内膜异位囊肿也称为卵巢巧克力囊肿，它是盆腔子宫内膜异位症的表现形式，会导致盆腹腔广泛粘连。由于子宫内膜异位病灶反复出血，导致盆腔内纤维组织增生，就会导致器官组织间形成粘连，可能会出现输卵管、卵巢、子宫、盆腔、腹膜、甚至与膀胱和直肠都会出现粘连的现象，对于手术操作就会造成很大的不利因素，手术时间就会相应延长。
