要根据婴儿病毒的原因选择不同的药物，常用的药物有病毒唑(利巴韦林)、病毒灵(盐酸吗啉胍)，或者阿昔洛韦、更昔洛韦，还可能会使用奥司他韦类的药物，以及金刚烷胺等。
一般并没有太多特效的抗病毒药物，通常都是选用对症的药物进行处理，有些病毒可能会有药物进行治疗，但是多数病毒并没有特效的抗病毒药物，特别是婴儿时期选择药物的时候，一定要在医生的指导下用药，不要自行盲目用药，有可能会延误病情，或者对婴儿的身体造成损伤。
因为很多抗病毒的药物副作用也很大，可能会造成婴儿肝肾损伤，或者造成婴儿出现白细胞或者血小板损伤，所以在婴儿出现病毒感染的时候，一定要在医生的指导下用药。有些药物可能只针对某些病毒会有效，并不是针对所有的病毒都有效，一定要有病原学的明确诊断之后，才能够适当的使用抗病毒药物。
