全胃切除后需将远端空肠与食管进行吻合，手术常见并发症包括吻合口出血、吻合口瘘。因为做吻合口以后进行吻合，与正常肠管存在区别，如果吻合情况较差，就有可能出现瘘。

此外，还可能出现倾倒综合征，全胃切除手术以后不存在幽门，进食如果过快，食物直接进入肠管，肠道很快吸收易导致高血糖、高渗透压，从而引起腹泻或头昏、呕吐等表现。

全胃切除手术，腹腔尤其上腹部创面较大，可能出现创面出血、腹腔内感染等并发症。