原发性肝癌普查的首选目标，一个是采血查甲胎蛋白，另一个是腹部彩超检查。甲胎蛋白是原发性肝癌特异性，或者灵敏性都非常高的指标。
如果甲胎蛋白明显＞400μg/mL，对原发性肝癌诊断意义非常高。如果甲胎蛋白是增高的趋势，增高超过200μg/mL，需要定期监测。有些肝炎的病人在肝功能受影响的时候，甲胎蛋白也会增高。
随着疾病或者检查的持续，如果甲胎蛋白持续增高，而肝功能反而持续降低，这时候往往也预示着原发性肝癌的可能性非常高。彩超是原发性肝癌普查最常用的影像学检测，由于使用方便，是筛查的必要手段，可以检测到肝内肿块的影像。
但是由于彩超涉及到灵敏度的差异，如果彩超看到肝内有异常的影像表现，需要进一步进行腹部的CT，甚至核磁进行检查。
